どんなに優れた道具（ツール）でも、道具の特性を理解し、使い方を覚えないと効果は発揮できません。
生産管理パッケージは、多くのお客様で使われた中で機能強化が図られ、よほど特殊なやり方でない限りパッケージ標準機能で実現できるはずです。
もし、実現できない項目が多く出てくるのであれば、そのパッケージの完成度を疑うべきです。

まずは、自社の運用要件を出し、パッケージ機能の適用度分析を行います。
この段階で、現状のやり方に拘らずパッケージ機能を利用して目的を達成する事を主眼にします。

ここでのポイントは、現場での運用が合理的な範囲かを見極める事です。
どんな素晴らしいシステムでも現場から受け入れられないシステムは動かないのです。

パッケージ機能を理解する時点で、現場を巻き込み、如何に導入し定着させるかを策定しておく必要があります。
上から押し付けるシステムではなく、自分たちが参画して作ったシステムとの意識を持ってもらうためです。

最後の成果物である運用マニュアルを現場が作れば、成功間違いなしとなります。